Research & High Performance Computing - Computerphile Computerphile English Turkish

Research & High Performance Computing - ComputerphileYouTube↗ IA↗(long shot)
Education 47.8K views 1.3K likes 24 dislikes 31 Jan 2018

Computerphile 2.6M subscribers N/A YouTube↗

Traditionally where people have used compute in their their research

Geleneksel olarak insanların araştırmalarında hesap kullandıkları yer

They know what to do because they've they're experts in the field and a lot of our classical users using

Ne yapacaklarını biliyorlar çünkü sahada uzmanlar ve birçok klasik kullanıcımızı kullanıyorlar.

HPC know exactly what they want they know how to process their data

HPC, verilerini nasıl işlemeyi bildiklerini tam olarak ne istediklerini biliyor

They know they need to use scientific Linux

Bilimsel Linux kullanmaları gerektiğini biliyorlar

They can write software to process their data, and they can get their own research questions answered by themselves

Verilerini işlemek için yazılımlar yazabilirler ve kendi araştırma sorularını kendileri cevaplayabilirler.

and you know part of information services job is simply just to provide the hardware in the grunt that they need to do that but

Bildiğiniz kadarıyla bilişim hizmetleri işinin bir parçası sadece donanımın bunu yapması gerekeni anlamadığını sağlamaktır.

Increasingly we're finding that other people are wanting to use compute in their research

Giderek artan bir şekilde başkalarının araştırmalarında hesaplama kullanmak istediklerini tespit ediyoruz.

But they're not really knowing how they haven't got those skills so part of my role is to sort of

Ama onlar gerçekten bu becerilere nasıl sahip olduklarını bilmiyorlar, bu yüzden benim rolümün bir parçası

link up their research problem with the skills needs the software and the analysis tools that they need to you know answer their questions I

Araştırma problemlerini yazılımın ihtiyaç duyduğu becerilerle ilişkilendirmek ve size ihtiyaç duydukları analiz araçlarını sorularına cevaplarını bilmek

Was a medicinal chemist so that's a type of synthetic chemist who designs and makes new drugs, so

Tıbbi bir kimyagerdi, bu yüzden yeni ilaçlar tasarlayıp üreten bir çeşit sentetik kimyacıydı.

All the different processes through you know designing a small molecule for a particular drug target

Sizin aracılığınızdaki tüm farklı süreçler, belirli bir ilaç hedefi için küçük bir molekül tasarladığını biliyor.

Doing some computational docking using the hpc to find out of the million possibilities

Milyonlarca olasılık bulmak için hpc kullanarak bazı hesaplamalı yerleştirme yapmak

Which ten should I make and then test to see which might be the cure for cancer?

Hangisinin kanser tedavisi olduğunu görmek için hangisini yapmalı ve test etmeliyim?

asthma

astım

Alzheimer's disease or just the new painkiller I

Alzheimer hastalığı veya sadece yeni ağrı kesici I

Started off my training doing a PhD in chemistry just the simple. How do you make this compound what reagents to use?

Doktora yapmak eğitimime başlamış basitçe kimyada. Bu bileşiği hangi reaktifleri kullanacaksınız?

How do you make it but as I sort of progressed in my career moved into the drug discovery space?

Bunu nasıl yapıyorsunuz ama kariyerimde bir miktar ilerleme kaydettikçe ilaç keşif alanına girdim?

Where the chemistry's just applied as the technique? That's just one of the tools and the the interesting and the intelligent thing is

Kimya sadece teknik olarak nerede uygulanmaktadır? Bu araçlardan sadece biri, ilginç ve zekice olan şey bu.

This is the drug target. What should I make to interfere with that target to have that biological effect?

Bu ilaç hedefi. Bu biyolojik etkiye sahip olmak için bu hedefe müdahale etmek için ne yapmalıyım?

And my interest really looked it moved into sort of the using computers to answer those kind of questions

Ve ilgim gerçekten bu tür soruları cevaplamak için bilgisayarları kullanmaya başladı.

So what do we make why do we make it? Where should we direct our efforts?

Peki niye yapıyoruz neden? Çabalarımızı nereye yönlendirmeliyiz?

Traditionally in all style research it would just be somebody sat in an office thinking about a particular problem, and then proposing an answer

Geleneksel olarak, tüm tarz araştırmalarında, belirli bir problem hakkında düşünen ve daha sonra bir cevap öneren bir ofiste oturmak gerekir.

But then you know that as a scope and possibilities. They increase you know we've got more data available

Ama o zaman bunu bir kapsam ve olasılık olarak biliyorsunuz. Daha fazla veriye sahip olduğumuzu biliyorlar.

We've got more possibilities available it really expands beyond what one person can hold in their head so as research is

Araştırmalar gibi gerçekten de bir kişinin kafasında tutabilecekleri ötesine uzanan daha geniş olanaklara sahibiz.

interdisciplinary and we use chemists biologists engineers mathematicians

disiplinlerarası kimyacı biyologlar kullanıyoruz mühendisler mühendisler

So that you know in a traditional submit' like wet organic chemistry we now need to use computers to help analyze

Geleneksel bir sunumda 'ıslak organik kimya gibi' bilmeniz için şimdi analiz etmek için bilgisayar kullanmamız gerekiyor.

possibilities data and questions, so yeah kind of expanding that

olasılıklar veri ve sorular, bu yüzden evet onu genişletme tür

Research space into using computers is really sort of becoming increasingly more important

Bilgisayarları kullanmaya yönelik araştırma alanı, giderek daha önemli hale gelmeye başladı

how I got involved in HP pcs and computing was doing something called docking so if we have a

HP bilgisayarlarına nasıl katıldım ve bilgisayar kullanıyorsanız

Small molecule of a drug molecule say like aspirin or salbutamol though, we think might be a good molecule in a particular drug target

Bir ilaç molekülünün küçük molekülü, aspirin ya da salbutamol gibi dese de, belirli bir ilaç hedefinde iyi bir molekül olabileceğini düşünüyoruz.

What we can do is use the computer and ask it a question saying does this small drug molecule fit into

Yapabileceğimiz şey bilgisayarı kullanmak ve bu küçük ilaç molekülünün uygun olduğunu söyleyerek bir soru sormak.

This receptor protein how good a fit is it?

Bu reseptör proteini ne kadar uygun?

Where does it fit in what shape is it when it fits so what we can do is use specialist software

Ne zaman uyuyor o zaman hangi şekle uyuyor, ne yapabiliriz uzman yazılım kullanmak

packages to ask that question of

bu soruyu sormak için paketler

hundreds of thousands or even millions of small molecules so you will prepare a question

yüz binlerce, hatta milyonlarca küçük molekül, böylece bir soru hazırlayacaksınız

How well do these five million drug molecules fit into this receptor with the question with the software?

Bu beş milyon ilaç molekülü, yazılımla ilgili soru ile bu alıcıya ne kadar uyuyor?

I'll submit that question to the HPC queue, and the that's where the HPC takes over and say okay, this guy's got this question

Bu soruyu HPC kuyruğuna göndereceğim ve HPC'nin devraldığı yer ve tamam deyince bu adam bu soruyu sordu

That's broken down into actually 25 million sub questions

Bu aslında 25 milyon alt soruya bölündü

And it's the HPC scheduler that then splits that job up into separate Nords and distributing out to different processor cores

Ve bu işi daha sonra ayrı Nordslara ayıran ve farklı işlemci çekirdeğine dağıtan HPC zamanlayıcı.

So I could have 2,000 processor cores

Böylece 2.000 işlemci çekirdeğine sahip olabilirim

One working on each drug molecule into that separate receptor when it's finished with that one

Her bir ilaç molekülü üzerinde, biri bittiğinde bu ayrı alıcıya çalışan bir kişi

It will tell this and a master controller that it's done

Bunu ve ana kontrol cihazının bittiğini söyleyecektir.

and it will be allocated the next one to do so it's kind of like that the HPC is acting as my research assistant and

ve bir sonraki yapılması için tahsis edilecektir, öyle ki HPC'nin araştırma asistanım olarak hareket etmesi gibi.

answering all those millions and millions of questions for me while I'm in the lab making - or

Laboratuvardayken benim için o milyonlarca ve milyonlarca soruyu yanıtlayarak - veya

Having a cup of coffee or lunch

Bir fincan kahve ya da öğle yemeği yemek

Or chatting to the boss about what the next question is that particular question sounds like a very very complicated

Veya bir sonraki sorunun ne olduğu konusunda patronla sohbet etmek, bu sorunun çok karmaşık bir ses olduğunu

Puzzle really isn't it and it sounds like a really complicated puzzle

Bulmaca gerçekten değil ve gerçekten karmaşık bir bulmaca gibi geliyor

But that the techniques and the software tools for asking that question. How well does that molecule fit into there a very mature?

Ama bu soruyu sormaya yarayan teknik ve yazılım araçları. Bu molekül oraya ne kadar iyi girebiliyor?

It's very well known. It's very well understood a subject the problem is really the scale and I

Çok iyi biliniyor. Çok iyi anlaşılmış bir konu, sorunun gerçekten ölçek olduğu ve ben

Can't have enough computing power to dock every single possible molecule into every single drug target

Her bir tek molekülü, her ilaç hedefine yerleştirmek için yeterli bilgi işlem gücüne sahip olamaz.

It's got to be an intelligent choice, but as computing power is ever increasing

Akıllıca bir seçim olmalı, ancak bilgi işlem gücü arttıkça

You know Moore's law more processors more memory

Moore yasasını daha fazla işlemci daha çok hafıza biliyorsun

I can ask more of the computer get it to tell me more information so I can concentrate on the the chemistry specific knowledge

Bilgisayardan daha fazla bilgi isteyip bana daha fazla bilgi vermesini isteyebilirim, böylece kimyaya özel bilgilere konsantre olabilirim

I'm imagining

Hayal ediyorum

Researchers from across the university well certainly across the world wanting to to use computers to do these to answer these questions

Üniversitenin dört bir yanından araştırmacılar kesinlikle bu soruları cevaplamak için bilgisayarları kullanmak isteyen bilgisayarları kullanmak istiyorlar.

Is there one science that uses it more than others or?

Onu diğerlerinden daha fazla kullanan bir bilim var mı?

No, I don't think there is really I mean. I think traditionally users have come from physics astronomy chemistry

Hayır, gerçekten demek istediğimi sanmıyorum. Geleneksel olarak kullanıcıların fizik astronomi kimyasından geldiğini düşünüyorum

Engineering in particular, but also increasingly biology genomics researchers the life sciences

Özellikle mühendislik, ama aynı zamanda giderek daha fazla biyoloji genomiği araştırmacıları yaşam bilimleri

And we're now seeing people from the social sciences humanity and even arts coming in to start using

Ve şimdi insanları sosyal bilimler insanlığından ve hatta kullanmaya başlamak için gelen sanattan görüyoruz

Computers in their research and are these high-performance computing systems

Araştırmalarında bilgisayarlar ve bu yüksek performanslı bilgisayar sistemleri

Or clusters are becoming the norm are people expecting these as part of their research now absolutely

Veya kümeler norm haline geliyor, insanlar bunları şimdi kesinlikle araştırmalarının bir parçası olarak bekliyorlar mı?

Yes, you know again

Evet tekrar biliyorsun

Going back years what we need to provide to an academic

Yıllara dayanarak, bir akademisyene vermemiz gerekenler

Would be an office a desk a green board and some chalk now people really expect and you know that high performance

Bir ofis bir masa olurdu yeşil bir tahta ve biraz tebeşir şimdi insanlar gerçekten bekliyor ve bu yüksek performansı biliyorsunuz

Computing facilities are available to them and the university does that by providing HPC facilities like we're just looking at today

Bilgi işlem olanakları kendileri için mevcut ve üniversite bunu yapıyoruz gibi HPC olanaklarını sağlayarak bugün

But also renting them from cloud providers like Amazon and Azure

Ancak onları Amazon ve Azure gibi bulut sağlayıcılardan da kiralamak

Microsoft and Google and others as well thinking of those leaders of the field Google and Amazon cloud computing etc

Microsoft ve Google ve diğerleri, Google ve Amazon bulut bilişim vb. Alanın bu liderlerini düşünüyor.

Why would you do it yourself if all those options are available was a number of reasons we might want to do it ourselves

Tüm bu seçeneklerin mevcut olması durumunda, neden kendimiz yapmak isteyebilirsiniz?

First and foremost those companies are really good at it

Birincisi ve her şeyden önce bu şirketler bu konuda gerçekten iyi

But most companies are really good at it because they charge for doing it

Ancak çoğu şirket bu konuda gerçekten iyi çünkü bunu yapmak için ücret alıyorlar

So there is a higher cost associated with renting somebody else's kit to do it

Bu yüzden, başkasının kitini kiralamak için kiralamanın maliyeti daha yüksek.

There are times when we need to do it on-site for security reasons

Güvenlik nedenleriyle yerinde yapmamız gereken zamanlar vardır.

So if we're working on some very sensitive research material, maybe something in the medical field with patient data

Bu yüzden çok hassas bir araştırma materyali üzerinde çalışıyorsak, belki tıbbi verilerle hasta verileriyle ilgili bir şeyler yapabiliriz.

We'll need to guarantee to the funders and who owns that data

Fon verenlere ve bu verilere sahip olanlara garanti vermemiz gerekir

It's very safe and secure by keeping it on-site

Yerinde tutarak çok güvenli ve güvenli

Equally we might be doing something say with genomics research where the quantity of data is so vast in you know

Eşit derecede, genom araştırmalarıyla birlikte, sizin adınıza çok büyük miktarda veri bildiğiniz bir şeyler yapıyor olabiliriz.

Terabytes of data per hour that we need to analyze it and process it here on site

Analiz etmek ve burada sitede işlemek için gereken saat başına terabayt veri

And that the costs and the time associated with shipping that data somewhere else

Ve bu verilerin başka bir yere gönderilmesiyle ilgili maliyetler ve zamanın

to process it and answer those research questions

işlemek ve bu araştırma sorularını cevaplamak için

And then bring the data back again is is prohibitive equal at those times where we're using remote data. Say satellite imagery or

Ve sonra verileri tekrar geri getirin, uzak verileri kullandığımız zamanlar eşit değildir. Uydu görüntülerini söyle veya

data from the Human Genome Project

İnsan Genom Projesinden elde edilen veriler

Well that data already exists off in the cloud

Peki bu veriler bulutta zaten var

So it makes far more sense there for our researchers to take the question to the data

Bu yüzden araştırmacılarımızın soruyu verilere götürmesi çok daha anlamlı.

And analyze that data off-site so kind of by offering both

Ve bu verileri kurum dışında da her ikisini de sunarak analiz edin

We can hopefully give researchers the ability to choose this one's better for me

Umarım araştırmacılara bunun benim için daha iyisini seçebilme yeteneği verebiliriz.

or this one's better for me does it ever go horribly wrong in that you ask a question and you've made a mistake and

ya da bu benim için daha iyi, bir soru sorman ve bir hata yaptığın için çok yanlış gider.

Wasted hours and hours or days of HPC - absolutely, it's happened to me more times than I care to mention

HPC'nin boşa harcadığı saatler, saatler veya günler - kesinlikle, bahsettiğimden daha fazla başıma geldi

One time in particular I was doing those docking small molecules as a drug mark

Özellikle bir zamanlar küçük molekülleri bir ilaç işareti olarak yerleştirenleri yapıyordum.

Targets only a couple of hundred thousand there was some sort of software error it started churning out an ever-increasing error file

Sadece birkaç yüz bin hedef alıyor, giderek artan bir hata dosyasını çalkalamaya başladığı bir tür yazılım hatası vardı.

size of the error file went through 300 gigabytes

hata dosyasının boyutu 300 gigabayttan geçti

Blocks the entire system everybody else's jobs failed 20 or so people quite angry with me that I just killed all of their research

Tüm sistemi engeller başkalarının işleri başarısız oldu 20 ya da öylesine insanlar bana çok kızdılar ki araştırmalarını öldürdüm

But that kind of thing does happen in research

Ancak araştırmada bu tür şeyler olur

and I guess that's the that's the computational equivalent of the professor having an explosion in the lab and

ve sanırım bu, laboratuarda patlayan profesörün hesaplamalı eşdeğeri.

Spraying stuff all over the room which I've also done

Ayrıca yaptığım odanın her yerine malzeme püskürterek

Maybe I'm in the physics lab working with Professor Moriarty

Belki de Profesör Moriarty ile birlikte fizik laboratuarındayım.

And I want to do some computing time how much it gonna cost me to use that kit

Ve bazı bilgisayar zamanları yapmak istiyorum, bu kiti kullanmam bana ne kadara mal olacak

That's a good question at the minute

Şu anda güzel bir soru

We don't actually charge our researchers directly for using an HPC facility

Araştırmacılarımızdan aslında bir HPC tesisi kullanmaktan doğrudan sorumlu değiliz.

So there's no per hour

Yani saat başına hayır yok

charge for using a

kullanım ücreti

Computer core you do know this is going to be available for them to all watch and then they're all going to start

Bildiğiniz bilgisayar çekirdeği bunun herkesin izleyebilmesi için uygun olacağını ve sonra hepsi başlayacağını biliyor

clamoring after this absolutely you know and

bundan sonra çarparak kesinlikle biliyorsun ve

If more people need more resources and we can provide them we can we can look to work for them what we want our research

Eğer daha fazla insan daha fazla kaynağa ihtiyaç duyuyorsa ve onlara sağlayabilirsek, araştırmamız için istediklerimizi araştırabiliriz.

To be ambitious and to try and push the boundaries, and we can't do that by restricting

Hırslı olmak ve sınırları zorlamaya çalışmak ve bunu kısıtlamak suretiyle yapamayız.

Unnecessary access to kit if money doesn't really come into it in that way how do you decide who does what and are there fights?

Eğer para gerçekten bu şekilde gelmezse kit için gereksiz yere erişim, kimin ne yapıp neyin kavga edeceğine nasıl karar veriyorsunuz?

That erupt as to who needs to compute power more than who else there are vigorous discussions each time we get a new

Bu, gücü her kim yeni bir karar aldığımızda güçlü tartışmaların olduğu kimlerden daha fazla hesaplamaya ihtiyaç duyduğu konusunda patlak veriyor.

HPC system and you know you you you can see in there it's a large

HPC sistemi ve sizi görebiliyorsunuz orada görebilirsiniz büyük

HPC there are so many processor cores and it can be used for such and such a period of time

HPC çok fazla işlemci çekirdeği var ve böyle bir süre için kullanılabilir

and there's always a debate about

ve her zaman hakkında bir tartışma var

How much of it at any one time is somebody allowed to use and how long can any one person's job go on through so?

Herhangi bir zamanda ne kadarının kullanmasına izin verilir ve herhangi bir kişinin işi ne kadar sürebilir?

Very much like Tetris how can I fit these variable width and size blocks in?

Tetris'e çok benzeyen bu değişken genişlik ve büyüklükteki bloklara nasıl sığabilirim?

Is it better for me to use a thousand calls for 10 hours or 100 calls for many thousands of hours?

10 saat boyunca bin çağrı, binlerce saat boyunca 100 çağrı kullanmam daha mı iyi?

And how do I fit that workload it always causes vigorous discussion few disagreements?

Ve bu iş yüküne nasıl uyurum, daima tartışmaya neden olan birkaç anlaşmazlığa neden olur?

There's always morning that the cues far too long, but that's just how it is

Her zaman sabahları çok uzun ipuçları vardır, ama bu böyle

Where does the book stop in terms of the decision-making is it left at a software world as a human come in and say?

Kitap, karar verme açısından nerede duruyor, bir insan gelip dediği gibi bir yazılım dünyasında bırakılıyor mu?

Every time we sort of review the process a group of humans will sit sit down and decide okay

Süreci her gözden geçirdiğimizde, bir grup insan oturup oturup karar verecek.

we think it's fair if

biz adil olduğunu düşünüyorum

Everybody's allowed to run up to a thousand cause for up to four days time and we kind of sit down and make those decisions

Herkesin dört güne kadar bin dolara kadar koşmasına izin veriliyor ve bu kararları alıyoruz.

As a research community, and then the software vigorously enforces those limits for us

Bir araştırma topluluğu olarak ve daha sonra yazılım şiddetle bu sınırları bizim için zorlar

so you are only allowed up to so many hundreds or thousands and your job is only allowed to run for a

bu yüzden yalnızca yüzlerce veya binlerce kişiye kadar izin verilir ve işiniz yalnızca

Maximum of four days and if it goes over four days it stopped and the next person's given access to that

En fazla dört gün ve dört günden fazla devam ederse durdu ve bir sonraki kişiye buna erişim izni verildi

Resource in a way that could be limiting research, right?

Kaynak araştırmayı sınırlayacak şekilde, değil mi?

It's something that the researchers have got to trying to fit into their research plans such as in the same way that

Araştırmacıların aynı şekilde kendi araştırma planlarına uymaya çalışması gereken bir şey.

Office space and laboratory space can be a limiting factor

Ofis alanı ve laboratuvar alanı sınırlayıcı bir faktör olabilir

It's how do I divide my research question up onto the computer am I better?

Araştırma sorumu bilgisayara nasıl bölüştüm, daha iyi miyim?

using two thousand calls for a short period of time or is it the kind of question that is

kısa bir süre için iki bin çağrı kullanmak ya da

Only limited to a thousand cores and needs to run for a longer period of time

Yalnızca bin çekirdekle sınırlıdır ve daha uzun bir süre boyunca çalışması gerekir

Do you need to know a fair bit about computing just to make those decisions, though?

Yine de bu kararları almak için hesaplama konusunda adil bir parça bilmeniz gerekiyor mu?

traditionally yes, I think there has been an expectation you have to know a lot about how computers work to make those decisions, but

geleneksel olarak evet, bence bu kararları almak için bilgisayarların nasıl çalıştığı hakkında çok şey bilmek zorundasınız.

We are seeing now as the use of computers in research moves into other areas

Araştırmada bilgisayar kullanımı diğer alanlara geçerken şimdi görüyoruz

part of my role is to try and help people to

Rolümün bir parçası insanlara yardım etmek

Understand how computers think as computers work in a very different way to a researcher

Bilgisayarların, bir araştırmacı için bilgisayarların çok farklı bir şekilde çalıştığını düşündüğünü anlayın.

they know good at answering the same question for a long period of time in parallel so sort of

Aynı soruyu uzun süre paralel olarak cevaplamanın iyi olduğunu biliyorlar.

Changing how you would do it in

Bunu nasıl yapacağınızı değiştirme

In person how you would add do some

Nasıl ekleyeceğinizi şahsen, bazılarını yapın

calculations to how a computer would do it lots of different things at the same time it is a

Bir bilgisayarın aynı anda birçok farklı şeyi nasıl yapacağını hesaplar.

Is a step change for some people?

Bazı insanlar için adım değişikliği mi var?

The equipment itself is fairly generic. You know that these are standard

Cihazın kendisi oldukça geneldir. Bunların standart olduğunu biliyorsun.

Blade enclosures the storage is standard storage we have about 240 terabytes in this

Blade muhafazaları depolamanın standart depo olduğunu, bunun içinde 240 terabaytımız var

It's all connected up by a minivan

Hepsi bir minibüs ile birbirine bağlı