How to Read a Codon Chart Amoeba Sisters Japanese English

How to Read a Codon ChartYouTube↗ IA↗(long shot)
Education 379.7K views 4.5K likes 186 dislikes 17 Sep 2019

Amoeba Sisters 2.9M subscribers United States YouTube↗

Click to Play Video

字幕ON OFFにはCキーをタップ

Captions are on! Click CC at bottom right to turn off!

この動画を見てるってことはコドン表の読み方が知りたいんだよね？

If you chose to watch this short video, you are perhaps searching for a little additional

help to read a codon chart.

君は正しい。ここであってる。多分、DNAvsRNAと

And you’ve come to the right place. We’re going to assume you already have the background from our DNA versus RNA video and

タンパク質合成は見たんだよね見てないんだったら、先そっち見てきて。

our Protein Synthesis video. If not…you might want to check those out first or otherwise jumping right into this

isn’t going to make much sense.

それと、ワークシートもあるよ。英語だけど。

Oh, and in addition, we have a video companion handout to this video which can be helpful.

コメント欄にワークシートのリンクがあるよ

Expand this video’s details for the link as you may want to download it first.

さて、DNA鋳型鎖がある。mRNAを作ろう。

So if you had this DNA template strand here, you’d have this mRNA built.

どんな風に塩基対が作られるかわかってると楽勝

I know this because of how RNA bases pairs with DNA bases.

mRNAの塩基が３つごとになってることに注目

Notice how these mRNA bases are written here in groups of 3?

それぞれをコドンという。

Each is a codon.

一度に読み取られる塩基３つのグループがコドン。

Bases are read in threes so a codon is how these bases will be “read.”

この例だと、コドン５つ。

In this example, there are a total of 5 codons.

15個のRNA塩基(ヌクレオチド)がある

15 individual RNA bases.

コドン表を使うと、 tRNAが持ってくるアミノ酸を解読できる。

By reading a codon chart, you can determine the amino acids that will be brought in by the tRNAs.

つまり、タンパク質になるアミノ酸の配列がわかる。

You can determine the sequence of amino acids that make up a protein.

なんでこれが重要なのって？アミノ酸がどうコードされているかがわかる。

And if you’re wondering why this matters---understanding how amino acids are coded for helps us understand

そうすると、ヒトの形質がわかったり、アミノ酸の変異が与える影響なんかがわかる。

human traits and how changes in amino acids have the potential to alter those traits.

ヒトだけでなく、すべての生物についてもね。

Not just for humans either but all living organisms!

科学者が、コドンと対応するアミノ酸を発見した。

The codons and their corresponding amino acids have been discovered by scientists.

コドン表の表記方法はいろいろ。

There are many ways you can represent the information in a chart.

最も一般的なのは、長方形か円形のコドン表。

The most common ways are the rectangular codon chart and the circular codon chart.

じゃ、始めよう。

Let’s get started.

mRNAのコドンには塩基が3つある。最初は AUG だね

The first codon---remember codons have three bases and codons are on the mRNA---is AUG.

てことは、tRNAアンチコドンはUAC。塩基対のルールは大丈夫だよね？

That means the tRNA anticodon will be UAC, and we know that because of the base pairing

さて、そのtRNAはどのアミノ酸を運ぶ？

rules. Now, which amino acid will that tRNA carry?

コドン表の出番。

Time to use the codon chart!

長方形のものを使うけど、参照するのはmRNAコドン。

We’ll use a rectangular one, and remember, it’s the mRNA codon that we look at.

tRNAアンチコドンじゃないよ。

Not the tRNA anticodon.

表の左端が１文字目用。

So notice on the left side of the chart, it is for the first base.

上は２文字目用。

The top is for the second base.

そして右端は３文字目用。

And the right side is for the third base.

AUGのコドンを拾おう。

We’re looking at the codon AUG.

順番にね。

We go in order.

１文字目はA。この行だけ残す。

First base letter: A. We isolate this row here and only this row.

2文字目はU。

Second base letter: U.

ここではこの列だけ残す。

We isolate this column here and only this column.

交差するエリアに絞られた。

We’ve narrowed it down to this area here where they intersect.

3文字目はG。

Third base letter: G.

コドンAUGはメチオニンをコードする。

The codon AUG codes for the amino acid methionine.

面白いことに、メチオニンは多くのポリペプチド鎖で始めのアミノ酸になるので

Fun fact: methionine is commonly the starting amino acid for many polypeptide chains as

AUGは開始コドンって言われる

AUG is a start codon.

次のコドンはCCA。

Next codon is CCA.

これに対応するtRNAアンチコドンは GGU。

That means the anticodon for the tRNA will be GGU.

このtRNAが運ぶアミノ酸はどれ？

Now, what amino acid will that tRNA carry?

コドン表を見よう

Time to use the codon chart!

今度は一時停止して、どのアミノ酸になるか考えてみて。

This time, we’re going to ask you to pause the video while you try to determine which

amino acid this tRNA would be carrying.

ちゃんとmRNAのコドンを使った？

Again, don’t forget to use the mRNA codon.

tRNAアンチコドンじゃないよ。

Not the tRNA anticodon.

じゃ、ゆっくりやろう

So, in slow motion, let’s go through this chart.

１文字目はC。まずこの行だけに注目。

First base letter: C. That narrows down this row.

2番目はC。この列だけ。つまり、この交差エリアに絞られる。

Second letter C. That narrows down this column, and therefore this area here where they meet.

3文字目はA。だからアミノ酸はプロリン！

Third letter A. The amino acid proline!

3番目のコドンは？

Aright, the third codon.

今回は、tRNAアンチコドンと tRNAが連れてくるアミノ酸を決めよう。

This time, we need you to determine the tRNA anticodon, and also, the amino acid that tRNA

would be carrying.

じゃ、3:56で動画一時停止してね。

Pause the video to determine those.

アンチコドンは、相補的だからCAG。

The anticodon, based on the base pairing rules, would be CAG.

で、コドン表はmRNAコドンなので

But we use the mRNA codon for this codon chart, and when you used it---showing this in slow

こうやって・・・

motion here--- you should have gotten the amino acid valine.

アミノ酸はバリン。ここまで、長方形のコドン表を使った。

Now, with those three codons, we used a rectangular codon chart.

他にも、円形のもあるって言ったよね。

We mentioned that there are other ways to represent the information, and the circular

chart is common to find as well.

円形コドン表は、内側から外側に読んでいく。

The circular codon chart typically works by starting on the inside and moving outward.

4番目のコドンはUUC。

So, this fourth codon we have here is UUC.

つまり、tRNAアンチコドンはAAG。アミノ酸にはmRNAコドンでコドン表を読むんだった。

That means the tRNA anticodon would be AAG, but again we’re going to use the mRNA codon

じゃ、中心から始めよう。

in the chart. So, we start with the center.

一文字目はUなので、この範囲だけ

First letter U, which isolates to this area.

２番目の文字はU。だから・・・

Then we move out one to the second letter which isolates further: U.

３文字目はC

Finally, we move one more time to the C.

これのアミノ酸はフェニルアラニンだね

This is the amino acid phenylalanine.

最後のコドンは、円形コドン表を使ってやってみて。

Your turn now to use the circular codon chart with this last codon.

mRNAコドンUAAのアミノ酸は？一時停止してやってみよう。「STOP」って見える？

What does the mRNA codon UAA stand for? [PAUSE] In slow motion, you can see that we get “stop.”

これはアミノ酸をコードしないコドン。

This does not code for an amino acid; instead, it is generally at the end of a sequence for

ポリペプチド配列の最後に来る。

コドン表を読むのもおしまいってこと。

And, well, this signals the end of reading the codon chart…for this little chain of

この短いアミノ酸配列もおしまい。

amino acids anyways.

実際には、もっとたくさんのアミノ酸でポリペプチド鎖はできてる。

In reality, polypeptides tend to have many more amino acids than this and proteins tend

ポリペプチド鎖１個かそれ以上でタンパク質ができる。

to be made of one or more of these polypeptide chains.

お役に立てれば幸いです。最後に、コドン表を読む上での落とし穴について。

We hope this was helpful, but before we go, we want to mention just a few pitfalls with reading codon charts.

その1：mRNAコドンを使わない穴

Pitfall #1: Not using the mRNA codon.

特に何かがない限り、コドン表には、mRNAのコドンを使うこと

Unless it specifies otherwise, the mRNA codon is what you want to use for the codon chart.

間違ってtRNAアンチコドン使っちゃう学生がいたり

Some students will accidentally try to use the tRNA anticodon.

DNA鋳型鎖を使おうとする学生もいるけど、ダメ。

Some students will try to use the original DNA template.

よっぽど tRNAアンチコドン用とかDNA用って書いてない限り

Now while there are charts that exist for the tRNA anticodon or DNA, unless it specifically

ふつーはmRNAコドンでコドン表を読む。

says otherwise, you should assume it’s for the mRNA codon.

その2：長方形チャートにはまる穴

Pitfall #2: Getting stuck on the standard rectangular chart.

学生には、長方形のほうが難しいみたい。

Pinky has noticed students tend to have more challenges with the rectangular one.

だから、慌てないで、蛍光ペンとか使って解読してみて。

We suggest going slowly, and even using a highlighter if you’re able to---that way

１文字目は横(行)、２文字目は縦(列)をマーク

you can see where the first base isolates the row, the second base isolates the column,

３番目でアミノ酸を絞り込む

and third base finishes in isolating the amino acid.

順番に注意してね。

Remember to go carefully in order.

その３：練習しない穴

Pitfall #3: Not practicing.

練習しないとね。ワークシートもあるよ。

You got to practice; that’s why this video has a video companion.

じゃ、復習。

So let’s do some more practice by going backwards!

この円形コドン表を参考に・・・リジンをコードするコドン２つは？ 6:50で動画を一時停止この円形コドン表から、リジンのコドンはAAAとAAG。

So using this circular codon chart, can you tell me the two codons that code for lysine? Go ahead and pause the video for a moment. So, using this circular codon chart, we can see the codons AAA and AAG code for lysine.

次は長方形のコドン表で出題。

Let’s use this rectangular codon chart here now.

セリンをコードするmRNAコドン６つは？

Which six mRNA codons could code for the amino acid serine?

セリンをコードするmRNAコドンは

The mRNA codons that code for serine are UCU, UCC, UCA, UCG, AGU, and AGC.

ずいぶんいっぱい。

Phew that’s a lot of codons!

さて、アメーバシスターズはおしまい。知るって楽しい！【インターネットが普及する前は、コドン表を持ち歩いてたよね】【それはあんただけ】

Well, that’s it for the Amoeba Sisters, and we remind you to stay curious!

Similar videos:

Genetics 6 Universal Genetic Code Chart
Chris Judd
3.4K views 23 likes 2 dislikes 22 Oct 201327% match

Protein Synthesis (Updated)
Amoeba Sisters
4.1M views 59.6K likes 1.6K dislikes 18 Jan 201825% match

DNA vs RNA (Updated)
Amoeba Sisters
2.7M views 40.3K likes -1 dislikes 29 Aug 201920% match

Archaea
Amoeba Sisters
165.3K views 3.3K likes 93 dislikes 12 Dec 201920% match

Settings Privacy About Contact Donate